Franz Joseph 1854 yılında, o zamanlar henüz 16 yaşına girmiş olan kuzeni Elisabeth ile evlenmiştir. Bu oda evlilikleri nedeniyle onların yatak odaları olarak düzenlenmiştir. Franz Joseph sevgilerinin eşit olması ve kararsız kalmaması için hayatı boyunca eşine dua etmiştir. Elisabeth en başından beri katı kuralları olan saray hayatını reddetmiş ve yıllar içerisinde kendinden emin bir kadın geliştirmeyi başarmıştır. Bağımsız bir hayat sürmüş, uzun seyahatlere çıkmış ve nadiren Viyana'da bulunmuştur. 1898 yılının Eylül ayında 61 yaşında iken Cenevre'de İtalyan bir anarşist olan Luigi Luccheni tarafından, okla öldürülmüştür.