Jan Dušek má na svém kontě celou řadu ocenění. V roce 2006 mu byla udělena 1. cena na skladatelské soutěži Generace za skladbu „…již za sedm dnů sešlu na zemi déšť…“ a v roce 2007 na téže soutěži opět 1. cena za skladbu „Gradace pro varhany“. V soutěži NUBERG 2008 získal za skladbu „Chalomot jehudi’im“ Cenu veřejnosti, o rok později obdržel za tutéž skladbu Cenu Gideona Kleina. V roce 2010 byl jeho melodram „Pražský chodec” oceněn 2. cenou v Soutěži pro mladé umělce vyhlašované Městskou částí Praha 1, v téže soutěži pak za klavírní cyklus „Pražské zvony“ získal 3. cenu v roce 2012. Za hudbu k němému filmu „Dítě ghetta“ získal v soutěži NuBERG 2011 Cenu veřejnosti, za hudbu k celovečernímu němému filmu Ost und West pak v následujícím ročníku téže soutěže Cenu mladých.