根据日本投降书，及1945年12月26日美英苏莫斯科会议的授权，并征得中国同意，1946年1月19日，驻日盟军最高统帅——麦克阿瑟公布了《设置远东国际军事法庭的特别通告第一号》。宣布：根据盟国惩治战犯的一系列共同宣言、波茨坦公告中惩办战犯的条款、及《日本投降书》，并经盟国授权，发布命令：设立远东国际军事法庭，审判日本战犯。同日，还公布了《远东国际军事法庭宪章》，规定：法庭将以破坏和平罪、反人类罪、和普通战争罪，控告日本战争罪犯。从1945年12月开始，美、英、中、苏、法、菲、澳、新、荷、加、印度等十一个国家的法官和检察官，陆续到达日本，参加审判。这十一个国家代表了占世界人口三分之二以上的人民，具有广泛的代表性。 

法庭的起诉是由国际检察局承担的。它由参加审判的美国、及其他国家的检察官、及其助手组成。国际检察局实行首席检察官负责制。美国检察官——约瑟夫·季南被麦克阿瑟任命为首席检察官，代表参加审判的十一个国家，负责全面的检察任务。其他国家的检察官作为助理检察官参加检察工作，一般担任与自己国家有关的检察事务。 

法庭由前述十一国派遣的法官、经麦克阿瑟任命后组成。为避免给人以美国独揽审判的指责，麦克阿瑟没有任命美国人担任法庭庭长，而是任命了澳大利亚法官——韦伯爵士为庭长。与检察官的情况不同，法庭的法官地位是平等的。但庭长在审判程序、判决时出现正反票相等、及行政事务方面有一定的特权。

被告名单是由国际检察局确定的。美军占领日本后，分三批逮捕了118名战争嫌疑犯。其中包括东条英机、土肥原贤二、荒木贞夫、松冈洋右等要犯。国际检察局的各国检察官经过反复讨论，从上述嫌疑犯中确定了第一批28名被告名单，向法庭提起诉讼。为保证审判的公正，法庭宪章规定：给予被告充分的辩护权。据此，被告通过日本政府、或日本律师会聘请辩护律师，并组成了辩护团。审判期间，先后有一百多名日美辩护人参加了辩护活动。 

1946年4月29日，远东国际军事法庭对东条英机等28名甲级战犯正式起诉。1946年5月3日开始审判。首席检察官——基南宣读起诉书。起诉书控告荒木贞夫等28名被告犯有：共谋策划、准备、发动和实行侵略战争，及在战争中进行大屠杀、和虐待俘虏等55项罪行。两年半的审判中，先后开庭818次；法官内部会议131次；出庭证人419人；779人提供书证、物证达4336件；审判英文记录达48412页；判决书长达1231页。