W 1854 roku Franciszek Józef poślubił swoją kuzynkę Elżbietę, która wtedy miała niespełna szesnaście lat. Sypialnię małżeńską urządzono specjalnie dla młodej pary z okazji ślubu. Franciszek Józef przez całe życie ubóstwiał żonę, wątpliwym jest natomiast, czy jego uczucia odzwajemniane były w równej mierze. Elżbieta od samego początku odrzucała sztywny dworski ceremoniał. Z upływem lat stała się pewną siebie kobietą, która wiodła niezależne życie, odbywając długie podróże i tylko sporadycznie pokazując się w Wiedniu. We wrześniu 1898 roku podczas pobytu cesarzowej w Genewie włoski anarchista Luigi Luccheni zasztyletował Elżbietę, mającą wówczas 61 lat.