Dari sumber-sumber Barat diperoleh catatan bahwa pada abad ke XVI sejumlah daerah di Papua bagian barat, yakni wilayah-wilayah Waigeo, Missool, Waigama, dan Salawati tunduk kepada kekuasaan Sultan Bacan di Maluku. Berdasarkan cerita populer dari masyarakat Islam Sorong dan Fakfak, agama Islam masuk di Papua sekitar abad ke 15 yang dilalui oleh pedagang–pedagang muslim. Perdagangan antara lain dilakukan oleh para pedagang–pedagang suku Bugis melalui Banda (Maluku Tengah) dan oleh para pedagang Arab dari Ambon yang melalui Seram Timur.

Selain melalui jalur perdagangan, di daerah Merauke Islam dikenal melalui perantara orang-orang buangan yang beragama Islam, yang berasal dari Sumatra, Kalimantan, Maluku dan Jawa. Terdapat istilah yang populer di Merauke, yaitu "Jamer" (dari kata Jawa-Merauke), untuk menyebut orang-orang keturunan Jawa baik yang merupakan keturunan orang-orang yang dipindahkan pada zaman penjajahan Belanda ataupun keturunan penduduk program transmigrasi pada masa setelah kemerdekaan Indonesia.