A medida que los aliados se acercaban por todos los frentes hacia el interior de Alemania, la institución iba desapareciendo. La mañana del 3 de febrero de 1945, aviones norteamericanos realizaron un feroz bombardeo sobre toda Berlín, concentrándose en la zona gubernamental y provocando la muerte de unos tres mil berlineses. Tanto la Cancillería del Reich, la del Partido Nazi, el Cuartel General de la Gestapo en Prinz-Albrech-Strasse y el Tribunal del Pueblo se vieron afectados. A partir de los primeros días del mes de abril, funcionarios de la Gestapo empezaron a quemar archivos y documentos en las instalaciones y patios centrales del edificio, siendo visible las columnas de humo desde la Wilhelmstrasse o avenida principal de los Ministerios.