Setelah Majapahit kehilangan kekuasaannya di Jombang, agama Islam mulai masuk dan berkembang di Jombang setelah itu Jombang menjadi bagian dari kerajaan Mataram Islam. Setelah pengaruh Mataram melemah, VOC mengambil alih wilayah Jombang menjadi bagian dari wilayah mereka, yang terjadi sekitar abad 17. karena Islam berkembang pesat di Jombang. 

Terdapat banyak sekali sekolah pendidikan Islam atau pondok pesantren di Jombang dan telah terkenal di seluruh penjuru Indonesia. Salah satunya adalah pondok pesantren Gading Mangu Perak Jombang yang merupakan salah satu pusat pendidikan agama Islam terbesar di Indonesia, yang menekankan pada pengajaran Al Qur’an dan Al Hadits serta pembentukan akhlakul karimah generasi muda. Selain itu di pondok pesantren Gading Mangu juga menididik generassi muda menjadi mubaligh dan mubalighot handal yang menguasai ilmu Qur’an dan Hadits serta berakhlak mulia, pondok pesantren.