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96. My Second Journal Club Presentation


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「遺伝暗号表の構造が環境中のリソースから影響受けており、コドンの使用頻度にも反映されている」という説の論文を読みました。Show notes
  • Resource conservation manifests in the genetic code. Science 2020…今回読んだ論文です。
  • Resource conservation manifests in the genetic code. BioRxiv 2020…Scienceに出版される前にプレプリントサーバーにも原稿があるので、無料で読めます。出版されたバージョンとは図表・番号などが違うので注意。
  • コドン (Wikipedia) … 今回の題材である、みんな大好き三文字のあいつ。今回コドンの詳しい説明はに丸投げしました。
  • 37. Biological Enigma…dessanをゲストに迎え、分子細胞生物学の入門知識について話しました。タンパク質やコドンについて(dessanが)丁寧に話しています。
  • 7. In the golden age of molecular biology… アミノ酸をコードするコドン発見に至る歴史を当時の論文と背景を交えて3人で話しました。
  • Ep19. Neuron Musk…Elon MuskがオーナーをつとめるNeuralinkがはじめて詳細にその技術を公開した時期に(当時)、bioRxivに投稿された論文と発表イベントの内容、Brain Machine Interfaceを含む脳情報関連技術の動向について話しました。
  • Ep50. My first journal club presentation…coela(たまき)が始めて紹介した論文。今回は2本目。
  • ResearchatLT vol.1 (YouTube)…Researchat.fmのリスナーから有志で、ライトニングトーク大会をやりました。その配信アーカイブです。
  • Researchat.fm Lightning Talk Vol.01 … ResearchatLTの要旨集を含む開催概要。
  • Last universal common ancestor, LUCA (Wikipedia)
  • 窒素固定 (Wikipedia)
  • Sequence Homology (Wikipedia)… 今回取り上げたOrthologyの意味、混同しやすいParalogy・Ohnology・Xenology・Homoeology・Gametologyの違いについて。
  • Single-nucleotide polymorphism (Wikipedia) … podcast中でSNP(スニップ)って言っているもの。日本語では一塩基多型
  • KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes
  • KEGG ORTHOLOGY
  • EggNOG v5.0“A database of orthology relationships, functional annotation,
  • and gene evolutionary histories”
  • 同義置換と非同義置換: 計算方法、意味、論文での示し方 … podcast中でなんの説明もなく「dN/dS」と言っていた内容の説明(ごめんなさい)。
  • 正の自然選択圧・負の自然選択圧 … ここらへんは限られた文字数で要約するのが怖いので割愛!!↑のリンクでも説明があります。
  • GLMM (Wikipedia)
  • データ解析のための統計モデリング入門――一般化線形モデル・階層ベイズモデル・MCMC … GLMM(論文中ではLMM)の入門におすすめな書籍。
  • GEO (Gene Expression Omnibus)“GEO is a public functional genomics data repository supporting MIAME-compliant data submissions. Array- and sequence-based data are accepted.”
  • Microarray (Wikipedia)
  • アミノ酸 生合成経路
  • 細胞の物理生物学 … coelaがはじめて、アミノ酸を合成するのに必要なエネルギー(ATP数)に関する記述をみかけた本。他にも様々な生命現象を取り上げている素晴らしい書籍。鈍器になるレベルで分厚い。
  • BioNumbers … 直接は関係ないですが、今回議論された内容を調べるとっかかりとして便利とcoelaが思っているデータベース。
  • Editorial notes
    • Researchat.fmは研究者3人が話すポッドキャストです!!(coela)
    • また一年後にお願いします (soh)
    • う、今回は反省の多い回でした。次回の論文回は最後まで聞いてから質問します(悪い癖が出ちまった…)(tadasu)
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