Construída no início do século XVI, substituindo uma anterior, provavelmente do século XII. A Capela de São Miguel tem uma estrutura arquitectónica manuelina. Durante a visita pode-se apreciar, entre muitos tesourosos, o altar dedicado a Nossa Senhora da Luz, padroeira dos estudantes e o orgão barroco com caixa decorada que tem cerca de 2000 tubos. Ainda hoje a capela recebe concertos de música sacra e missas diárias e dominicais. O circuito turístico da UC dispõe de um Roteiro Turístico em Braille, que se apresenta em formato A5 em duas versões: Português e Inglês.