Το αρχαιότερο σχολείο Μέσης Παιδείας της Κύπρου και το παλαιότερο απ’ όλα συνολικά τα εκπαιδευτήριά της, το Παγκύπριο Γυμνάσιο ξεκίνησε τη λειτουργία του ως εκπαιδευτικό ίδρυμα το 1753. 

Τότε στους χώρους του λειτουργούσε η σχολή «Ελληνομουσείον», για να ιδρυθεί μερικά χρόνια αργότερα -το 1812- ένα νέο σχολείο από τον Εθνομάρτυρα Αρχιεπίσκοπο Κύπρου Κυπριανό με την ονομασία «Ελληνική Σχολή». 

Το 1893 με πρωτοβουλία του Αρχιεπισκόπου Σωφρονίου -όταν η Κύπρος βρισκόταν κάτω από την εξουσία της Βρετανικής Αυτοκρατορίας- το σχολείο εξελίχθηκε σε εξατάξιο Γυμνάσιο και αναγνωρίσθηκε από την Ελληνική Κυβέρνηση ως ισότιμο με τα σχολεία Μέσης Παιδείας της Ελλάδας. 

Τρία χρόνια αργότερα, το 1896, μετονομάστηκε σε Παγκύπριο Γυμνάσιο, ονομασία την οποία διατηρεί μέχρι και σήμερα. 

Το Παγκύπριο για δεκαετίες υπήρξε πρότυπο σχολείο για όλη την Κύπρο και ένα από τα σημαντικότερα εκπαιδευτήρια του Ελληνισμού. Πολύ σημαντική και η συμμετοχή του στους Βαλκανικούς πολέμους αλλά και στον αγώνα της ΕΟΚΑ του 1955-59. 

Σταθμός στην πορεία του σχολείου ο Ιανουάριος του 1956, όταν μετά την ιστορική μάχη της Σεβερείου Βιβλιοθήκης, οι Άγγλοι αποφάσισαν να διακόψουν τη λειτουργία του. Αυτό οδήγησε μαθητές και δασκάλους να αναβιώσουν το «κρυφό σχολειό» της Ελληνικής Επανάστασης, κάνοντας μαθήματα αργά τη νύχτα σε υπόγεια και στοές. Το Παγκύπριο Γυμνάσιο επανήρχησε τη λειτουργία του τον Σεπτέμβριο του 1956. 

Σε μία πιο πρόσφατη εξέλιξη στις αρχές του 2021, συνεργείο που εκτελούσε εργασίες στις υποδομές του ιστορικού Γυμνασίου, ανακάλυψε κοντά στην «Κρύπτη των Φιλικών», ακόμη ένα δωμάτιο για το οποίο κανείς δεν γνώριζε μέχρι τότε. 

Όπως φαίνεται οι συγκεκριμένοι χώροι του Παγκύπριου Γυμνασίου χρησιμοποιήθηκαν κατά την περίοδο της Ελληνικής Επανάστασης του 1821 για να κρύψουν Φιλικούς.