Grâce à une technologie révolutionnaire qui libère la mémoire génétique, Callum Lynch (Michael Fassbender) revit les aventures de son ancêtre Aguilar, dans l'Espagne du XVe siècle.

Alors que Callum découvre qu'il est issu d'une mystérieuse société secrète, les Assassins, il va assimiler les compétences dont il aura besoin pour affronter, dans le temps présent, une autre redoutable organisation : l'Ordre des Templiers.