توصیه آیت‌الله سیستانی برای نماز نخواندن پشت سر امامانی که حقوق دولتی دریافت می‌کنند، بحث‌های زیادی را برانگیخت. دفتر سیستانی در مشهد از قول پسر او توضیحی را منتشر کرد و گفت این اظهارات "ناظر به ایران نیست".