Nella notte del 28 luglio 1993 la chiesa fu oggetto di un attentato: un auto bomba parcheggiata nei pressi della facciata, ha causato il crollo quasi totale del portico antistante la chiesa, l’apertura di una larga breccia sul prospetto principale e dissesti statici alle strutture murarie della chiesa e all’annesso convento dei Padri Crocigeri. Questo episodio si inserisce all’interno del quadro di attentati allo stato italiano portati a compimento da Cosa Nostra nel 1992-1993 tra cui quelli di Capaci e di via D’Amelio.