عانى فريق برشلونة في عام 2007 من فترة اضطراب شديدة، حيث تدهور أداء اللاعبين الكبار مثل رونالدينيو وديكو، مما دفع الإدارة للبحث عن بديل للمدرب رايكارد. كان جوزيه مورينيو مرشحًا قويًا، لكن تكسيكي بيغيريستين، المدير الرياضي، وبدعم من يوهان كرويف، رشح بيب جوارديولا، مدرب الفريق الرديف، والذي كان مفاجأة للكثيرين، بما فيهم بيب نفسه الذي لم يكن واثقًا من قدرته على قيادة الفريق الأول.
بعد توليه المسؤولية، فرض جوارديولا قوانين صارمة جدًا لضبط الفريق، شملت غرامات مالية للتأخير، ومنع استخدام الهواتف في التدريبات، وحظر السهر خارج المنزل بعد الساعة 11 مساءً. كما أصر على تناول وجبات الطعام الرئيسية في النادي. على الرغم من أن بعض اللاعبين الكبار لم يتقبلوا هذه القوانين في البداية، إلا أن بيب استطاع فرض سلطته، وبدأ في بناء فريقه حول اللاعبين الشباب من أكاديمية النادي، مثل بيدرو وبوسكيتس.
كان من أبرز قرارات جوارديولا في البداية استبعاد رونالدينيو وديكو، وقرر الإبقاء على إيتو مبدئيًا بعد إصرار اللاعبين القادة. كانت علاقته باللاعبين عميقة، حيث زار غابرييل ميليتو المصاب وأرسل ليونيل ميسي للمشاركة في أولمبياد بكين رغم اعتراض الإدارة، في قرار عزز علاقته بالنجم الأرجنتيني بشكل كبير.
واجه بيب تحديات في موسمه الأول، أبرزها الهزيمة أمام نومانسيا، لكنه تخطى ذلك بدعم من كرويف، وحقق انتصارات مهمة مثل الفوز على سبورتنج خيخون الذي شهد تألق بوسكيتس. أبرز إنجازاته كانت في موسم 2009، حيث قاد برشلونة لستة ألقاب تاريخية، متضمنة الفوز الكبير 6-2 على ريال مدريد في سانتياغو برنابيو، حيث استخدم ميسي لأول مرة كرأس حربة وهمي.
شهدت فترة جوارديولا صراعًا شرسًا مع جوزيه مورينيو، مدرب ريال مدريد، تحول إلى حرب نفسية وتصريحات حادة خارج الملعب. في عام 2011، بلغت المنافسة ذروتها في سلسلة من الكلاسيكو، حيث خسر برشلونة نهائي كأس الملك، مما دفع بيب لكسر هدوئه المعتاد والرد بقوة على مورينيو في مؤتمر صحفي شهير، في لحظة أظهرت للجميع مدى الضغط الذي كان يعانيه.
تدهور أداء برشلونة في الموسم الأخير لجوارديولا (2011-2012) بسبب إرهاق اللاعبين وإصاباتهم، بالإضافة إلى شعور البعض بفقدان الشغف بعد سنوات من الانتصارات. خسر الفريق أمام تشيلسي في نصف نهائي دوري أبطال أوروبا وريال مدريد في الدوري الإسباني، مما دفع جوارديولا لإعلان رحيله عن النادي بسبب الإرهاق الشديد وفقدان الطاقة.
كان وداع جوارديولا مؤثرًا للغاية، خاصة في مباراته الأخيرة على أرض الكامب نو ضد إسبانيول، والتي سجل فيها ميسي أربعة أهداف، واحتفل بهدفه الأخير مع بيب في مشهد درامي. كما قاد الفريق للفوز بكأس الملك في مباراته الأخيرة كمدرب. ترك جوارديولا إرثًا عظيمًا في برشلونة، حيث غير فلسفة كرة القدم، وأصبح الفريق تحت قيادته مرجعًا عالميًا في عالم التدريب، وباتت طريقته في اللعب مصدر إلهام للكثيرين.