Fray Junípero pasó 9 años en Xalpán, en el actual Méjico, desde allí fue enviado a misionar a los indios Apaches en el río San Sabá. En 1767 tuvo lugar la expulsión de los jesuitas de todo territorio español. Fueron los franciscanos quienes tenían que ocupar los lugares y misiones que los jesuítas tuvieron que dejar. En 1768 soldados y misioneros se adentraron en el territorio de la Alta California, territorio apenas conocido en aquellos tiempos y apenas colonizado. Fray Junípero estaba al frente de la expedición. Los misioneros cuando llegaban a nuevas tierras y fundaban una misión, no sólo catequizaban sino llevaban un cargamento de semillas, herramientas, material de construcción y ganado. En estas nuevas tierras los indios aún eran cazadores-recolectores sin conocimiento del vestido ni de la escritura. La misión a parte de traer materiales se dedicaba también a enseñar agricultura, ganadería y diversos oficios para que las gentes tuvieran una mejor calidad de vida.