Después de la época barroca y de la muerte de los grandes compositores del periodo entre 1706 y 1750, el órgano entró en decadencia en la música de concierto; la indiferencia de los grandes compositores hace que se le reserve casi exclusivamente para música religiosa. En el periodo clásico, Mozart y Haydn sólo compusieron algunas sonatas y fantasías el primero, y el segundo, conciertos para órgano. Beethoven, por su parte, lo usó en su gran Missa Solemnis.

En el romanticismo, salvo contadas excepciones, siguió relegado por los grandes compositores, aunque Mendelssohn, Anton Bruckner, Brahms, Jesús Guridi y Franck destinan grandes obras a este instrumento, como los corales (1897) y las sonatas (1845) de Brahms y Mendelssohn respectivamente.