En 1417, durante la Guerra de los Cien Años, Chartes cayó en manos de los ingleses, y fue recuperada en 1432. En 1568, durante las Guerras de religión, Chartres fue sitiada sin éxito por los hugonotes, encabezados por el príncipe de Condé, y finalmente liberada el 19 de abril de 1591 por las tropas reales de Enrique IV. Precisamente fue este rey el único en ser coronado el 27 de febrero de 1594 en la catedral de Chartres en lugar de la de Reims cuando se alzó con el trono de Francia tras su conversión a la fe católica.

En Chartres también hay un marco de piedra coronado por el busto de mármol de Louis Pasteur, un alto relieve de bronce que reúne a un grupo de ocho personas y describe una de las principales experiencias de Pasteur en 1878 en Saint- Germain- la-Gâtine cerca del pueblo de Poisvilliers.