Michael Haydn nace en Rohrau (Austria) el año 1732. Es hermano del compositor Joseph Haydn. Se formó como niño de coro en la catedral de Viena. Entre 1757-63 fue maestro de la capilla del obispo de Grosswardein. En 1763 entra al servicio de la corte y es nombrado Konzertmeister del príncipe-arzobispo de Salzburgo. En 1777 fue nombrado organista de la iglesia de la Santa Trinidad y en 1781 organista de la catedral. Fallece en Salzburgo el año 1806.

Es autor principalmente de obra religiosa, pero tiene también obra vocal profana, así como dramática e instrumental.