Il secondo Tomo contiene il Libro III (111 capitoli) e il Libro IV (92 capitoli). Nel Libro III entra il tema della «gran tempesta» causata dalla presenza in Italia delle compagnie di ventura. Lunghe pagine sono dedicate alle relazioni tra i comuni della Toscana e la Chiesa, a molte dispute bellicose interne alle città toscane e tra città umbre.