Don Rafael trasladó a Huarte a la fortaleza para aislarlo y controlar su destino, llegando a registrar y amenazar a su joven cuñada Águeda Romero. Armado y con aliados, infundía miedo para evitar intercesiones. Ante la llegada del Inquisidor, bloqueó ventanas para silenciar a Huarte. Tras recibir noticias de Madrid que confirmaban el juicio del Santo Oficio, Don Rafael optó por planear su venganza definitiva.