En esta historia alternativa de Dr. Stone, la humanidad no se encuentra en un misterioso evento que convierte a las personas en piedra, sino que ocurre una catástrofe global conocida como El Gran Eclipse, donde una extraña energía cósmica recae sobre la Tierra y deja a los humanos sumidos en un profundo sueño de cien años. Los sobrevivientes no son los típicos jóvenes científicos, sino una serie de personajes con habilidades que, en su mayoría, no están relacionadas con la ciencia.