어벤져스와 관련된 사고로 무고한 시민이 죽는 등 부수적인 피해가 일어나자 국제 사회는 어벤져스를 관리 감독하는 시스템인 '슈퍼히어로 등록제'를 내놓는다. 어벤져스의 독자적 판단에 맡기기보다 UN 산하의 조직으로 관리하자는 것인데 어벤져스 내부는 이런 입장을 지지하는 찬성파와 반대파로 나뉘게 된다.

아이언맨과 블랙 위도우 등은 정부의 방침을 따르자는 찬성파, 캡틴 아메리카 등은 정부 감시 없이 자유롭게 지구를 지켜야 한다는 반대파를 이루게 되는 가운데 친구인 윈터솔저가 음모에 휘말렸음을 알고 그를 지키려는 캡틴 아메리카와 정부의 지시를 받고 이를 막으려는 아이언맨 사이의 갈등은 더 심화되게 되는데...