Entre 1987 et 1989 a eut lieux sur le territoire de l'actuel Somaliland, le génocide des Issaq, le clan majoritaire de la région.

Il fut organisé par le dictateur de la Somalie : Siad Barre.

Ce génocide est souvent nommé l’Holocauste d’Hargeisa, suite à la destruction de plus de 90 % d’Hargeisa, qui était alors la deuxième plus grande ville de Somalie.