Existen varias mutaciones del VIH que se han asociado con la resistencia a los antirretrovirales. Dentro de las mutaciones de resistencia más frecuentes asociadas con cada clase de antirretrovirales. Es importante destacar que las mutaciones de resistencia pueden variar en función del tipo de medicamento y la exposición previa del paciente a los mismos. Además, la resistencia a los medicamentos puede ser causada por una o varias mutaciones, y la combinación de mutaciones puede tener un impacto significativo en la eficacia de la terapia antirretroviral. Por esta razón, es importante realizar pruebas de genotipificación en pacientes en falla de para asegurar que se esté utilizando la combinación más efectiva  para cada usuario.