1. Belanda mengakui secara de facto Republik Indonesia dengan wilayah kekuasaan yang meliputi Sumatera, Jawa, dan Madura.

2. Belanda sudah harus meninggalkan daerah de facto paling lambat tanggal 1 Januari 1949.

3. Republik Indonesia dan Belanda akan bekerja sama dalam membentuk Negeri Indonesia Serikat, dengan nama Republik Indonesia Serikat (RIS), yang salah satu negara bagiannya adalah Republik Indonesia (RI).

4. RIS dan Belanda akan membentuk Uni Indonesia-Belanda dengan Ratu Belanda selaku ketuanya.

isi Perjanjian Linggarjati masih menimbulkan polemik di kalangan Komite Nasional Indonesia Pusat (KNIP). Hal tersebut menyebabkan penandatanganan Perjanjian Linggarjati baru terlaksana pada 25 Maret 1947 di Istana Istana Merdeka, Jakarta. Nantinya, Belanda mengingkari kesepakatan dalam Perjanjian Linggarjati tersebut dengan melancarkan agresi militer pertama pada 21 Juli 1947.