Er trat 1987 in den Auswärtigen Dienst der Bundesrepublik Deutschland ein und begann seine Diplomatenkarriere in Windhuk. Weitere Stationen waren u.a. Maputo in Mosambik, Wien, Ljubljana, Kiew, Almaty, Rio de Janeiro. Obwohl inzwischen im Ruhestand, arbeitet Zillikens aktuell als regionaler Sanktionsberater bei der EU-Delegation in Astana, Kasachstan.