La historia involucra principalmente a cinco estudiantes de secundaria: Taichi, Iori, Himeko, Yoshifumi y Yui, que son los únicos miembros del Club de Investigación Cultural Estudiantil en la escuela secundaria a la que asisten. Todos se enfrentan a varios fenómenos sobrenaturales que alteran los sentidos en su vida diaria, todos aparentemente causados ​​por una entidad críptica que se refiere a sí misma como 'Heartseed', que tiene la intención de utilizar los fenómenos para probar a los personajes con un objetivo desconocido. A medida que los cinco experimentan estos fenómenos, se pondrá a prueba la fuerza de sus vínculos.