Mexicaltzingo fundado entre el 14 y 16 de febrero de 1542, por indios traídos del Valle de México por el virrey Antonio Mendoza, los cuales venían en calidad de auxiliares de las tropas españolas para combatir la rebelión cazcana del Mixtón, después de ganar la guerra, algunos de ellos "quisieron quedarse...se casaron con indias de la Galicia, se les permitió que establecieran su población al poniente, a la que se le dio el título de San Juan de Mexicaltzingo".

El templo dedicado a San Juan Bautista que mas bien era una modesta capilla, fue mandado a ampliar por Fray Antonio alcalde quien realizó una donación de seis mil pesos para esta tarea, el 28 de junio de fue denominada la capilla de San Juan Bautista. Debido a que la fama de los milagrosos del Señor de la Penitencia creció mucho a finales del siglo XVIII, en 1800 el cura Blas de Samaniego, solicitó al obispo la construcción de una iglesia nueva, el proyecto fue del Maestro Alarife Pedro Ciprés, habitante del barrio.