La acción se desarrolla en la Hispanoamérica del siglo XVIII, en la jungla próxima a las cataratas de Iguazú. Allí un misionero jesuita, el padre Gabriel (Jeremy Irons), sin más armas que su fe y una flauta, intentará evangelizar a los indios guaraníes y creará la misión de San Carlos. Entre sus compañeros está Rodrigo…