1959年，李光耀成為新加坡自治後的第一位總理，時年35歲。新加坡自治引發了西方投資者的擔憂，紛紛從新加坡撤離資產。李光耀內閣採取一系列政策，成功在短時間內平衡政府財政收支、改善治安、大規模開展基礎設施建設，穩定了國內的環境。

然而，人民行動黨的對立已到了水火不容的地步，終於引發了1961年的憲政危機，人民行動黨分裂，左翼人士成立了社會主義陣線，和偏右的人民行動黨分庭抗禮，試圖將新加坡打造成深受蘇聯和中國模式影響的社會主義國家。為了貫徹自己的信念，鞏固新加坡的憲政體制，李光耀聯合馬來亞聯邦政府和英國殖民政府，在1963年2月2日發動了“冷藏行動”，在大選和公投前夕完全癱瘓社會主義陣線。之後，新加坡通過公投加入馬來亞聯邦，馬來西亞聯邦成立。

然而，馬來民族主義者試圖將聯邦打造成馬來人至上的國家，奉行民族平等政策的新加坡政府成為激進主義者的眼中釘、肉中刺。種族暴力最終蔓延到新加坡，引發了1964年的慘案。隨著雙方談判的破裂，新加坡于1965年8月9日的議會表決中被逐出馬來西亞，被迫成為一個獨立的國家。