Татары проживают в Немежисе уже много веков. В 1397 году их поселил здесь Великий князь Витаутас, у которого в то время в Немежисе была летняя резиденция. А почти 300 лет спустя, в 1684 году, была построена первая мечеть.
У нее была непростая судьба. В 1909 году мечеть сгорела, но сразу была восстановлена. В 1956 году ее собирались снести советские власти, но этого не позволила сделать татарская община. Однако в 1968 году мечеть все-таки была закрыта - она стала зернохранилищем. Правда, уже через год в ней открылся этнографический музей. Еще чуть позже мечеть снова испытала пожар, но уцелела.
Наконец, с 1978 года мечеть снова обрела свое сакральное предназначение и была возвращена татарской общине. Ремонт и реставрация мечети проводились в 1993 и 2009 годах соответственно. Рядом с мечетью есть старое кладбище.
А в Нямежисе сегодня проживают около 120 потомков татар.