Comenzamos Mega Man Zero 2. Una continuación directa de su predecesor.

Ha pasado un año desde que Zero derrotara a Copy X. Desde entonces, ha pasado el tiempo vagando por el desierto y derrotando oleadas y oleadas de Pantheons. Zero avanza con aire cansado a través de una tormenta de arena envuelto en una capa raída. Cuando la arena se calma, se da cuenta de que, una vez más, está siendo perseguido por enemigos.