السلطان الذي وُقعت في عهده الاتفاقية الإنجليزية-الألمانية (هليجولاند-زنجبار) هو السلطان السيد علي بن سعيد البوسعيدي (١٣٠٧-١٣١٠هـ/ ١٨٩٠-١٨٩٣م)، وهو الابن الثامن عشر من بين الأبناء الاثنين والعشرين المعروفين للسيد سعيد بن سلطان. وُلد السلطان علي بن سعيد في مسقط عام ١٢٧٠هـ/ ١٨٥٤م. والدته تدعى نور الصباح. وكان السيد علي يسمى السيد منين ولما توفى أخوه الأكبر (علي) سُمي باسمه. للسيد علي ابن اسمه سعيد، وأربع بنات: علية، ونونو، وغالية، وشريفة. يُعد السلطان علي بن سعيد رابع سلاطين الأسرة البوسعيدية في سلطنة زنجبار، وتولى الحكم بعد وفاة أخيه السلطان خليفة بن سعيد في ٢٧ جمادى الثانية ١٣٠٧هـ/ ١٨ فبراير ١٨٩٠م.ومن أهم الأحداث التي وقعت في عهد السلطان علي بن سعيد هو توقيعه على اتفاقية الحماية البريطانية في عام 1890م، فكانت بداية حكمه نهاية السيادة العُمانية على زنجبار؛ إذ أعلنت بريطانيا مع توليه العرش حمايتها على زنجبار بالاتفاق معه، مستغلة مخاوف السلطان علي من الأطماع الألمانية، فوافق على ذلك ممهداً الطريق لعقد الاتفاقية الإنجليزية-الألمانية في يوليو 1890م والتي أقرت فيها ألمانيا بحق بريطانيا في السيطرة على زنجبار مقابل تنازل بريطانيا لها عن جزيرة هليجولاند في بحر الشمال وهكذا تم في 4 نوفمبر 1890م إعلان بريطانيا رسمياً حمايتها على كل من جزيرتي زنجبار وبمبا، وفي 7 نوفمبر رُفع العلم البريطاني بجانب العلم الزنجباري على سارية الديوان الملكي في زنجبار. وتم في ذلك اليوم منح السيد علي وسام الجدارة البريطانية. ومن جهة أخرى وجد السلطان نفسه مرغماً في سبتمبر 1890م على الرضوخ لطلب ألمانيا بيعها الشريط الساحلي بين نهري أومبا وروفوما لتجد لمحميتها تنجانيقا منفذاً على البحر، وذلك مقابل 200000 جنيه إسترليني، تحت ضغط القنصل البريطاني في زنجبار.وقد شهد عهد السلطان علي بن سعيد تدخلاً كبيراً للإنجليز في الشؤون الداخلية لسلطنة زنجبار، حيث حثّ القنصل البريطاني السلطان علي بن سعيد على توقيع اتفاق بلجيكا ضد تجارة الرقيق في يوليو 1890م، فأصدر مرسوماً متشدداً ضد تلك التجارة مما أثار غضب الكثيرين لتأثيره السلبي على العمل الزراعي، ويذكر ذلك المؤرخ المغيري في كتابه: "جهينة الأخبار في تاريخ زنجبار"، بقوله: "ومن الحوادث التي حدثت في أيامه، أنه أصدر منشوراً بإدارة الجمارك، منع استعمال الرقيق والتجارة فيهم في داخلية البلاد. ولما علم العرب بهذا المنشور ركضوا إلى المكان الذي ألصق المنشور بالجمرك، ومزقوه، وانضم إليهم جماعة القمريين، وخاف السلطان علي على نفسه من ذلك، وخشي وقوع حادث عليه، فالتجأ بالقنصل الإنجليزي، وطلب منه أن يحميه وبلاده". وهو ما حدث فعلاً بوقوع زنجبار تحت الحماية البريطانية بموجب الاتفاقية التي وقعها السلطان علي بن سعيد في عام 1890م.تحولت حماية بريطانيا لزنجبار إلى سيطرة على الشؤون الداخلية، ومن جوانب ذلك التدخل التغيرات التي أحدثها المبعوث البريطاني جيرالد بورتال في 1891م حيث فرض على السلطان ما عُرف بالقائمة المدنية التي بموجبها حُدد له راتب شهري قدره 18000 روبية، أنقصت بعد شهور إلى 17283 روبية ثم إلى 10000 روبية بنهاية عام 1892م بحجة أن تلك المبالغ يصرفها السلطان على حاشية عاطلة لا تعمل شيئاً. كما جرّد السلطان من سلطاته الإدارية ووزعت على أقسام إدارية يرأسها موظفون بريطانيون تحت إمرة الوزير الأول. وتمّ اختيار بريطاني أيضاً هو لويد ماثيوز الذي كان قائد جيش زنجبار، لمنصب الوزير الأول للحكومة مع حرمان السلطان من حق إقالته دون الرجوع للحكومة البريطانية ممثلة في القنصل العام بزنجبارومن الإجراءات التي قام بها السلطان علي بن سعيد تطبيق الضرائب على البضائع القادمة إلى زنجبار من بمبا (الجزيرة الخضراء)، وذلك في رمضان 1309هـ/ مارس 1892م، وإزاء ذلك ذهب وفد من بمبا إلى السلطان علي يطلبون منه إزالة تلك الضرائب فاستجاب إلى طلبهم، ومما جاء في رسالته إليهم: "أهل الجزيرة الخضراء، سلام عليكم، أما بعد، فقد أنعمنا عليكم برفع المعشرات الزائدة".تُوفى السلطان علي بن سعيد في الساعة الثامنة والنصف ليلة الاثنين 16 شعبان 1310هـ/ 6 مارس 1893م، عن عمر يناهز 39 عاماً، وبلغت مدة حكمه ثلاث سنوات، وخلفه في الحكم ابن أخيه السلطان حمد بن ثويني (1310-1314هـ/ 1893-1896م).