السيد ثويني بن سعيد بن سلطان البوسعيدي، تدرب على شؤون الحكم في حياة أبيه السلطان سعيد بن سلطان؛ إذ كان ينوب عنه في مسقط أثناء وجود السلطان سعيد في زنجبار وذلك منذ عام 1249هـ/ 1833م. والسيد ثويني هو الابن الثالث للسيد سعيد، ولد في عام 1235هـ/ 18٢٠م في مسقط، ولم ير زنجبار على الاطلاق كما يشير إلى ذلك المؤرخ عبدالله بن صالح الفارسي في كتابه: "البوسعيديون حكام زنجبار"، ويصفه بأنه كان نموذجا للنشاط، وعندما كبر عينه أبوه نائباً له على الأقاليم العُمانية.تزوج السيد ثويني من ابنة عمه السيدة غالية بنت سالم بن سلطان البوسعيدية سنة ١٨٣٥م، وأنجبت له السيد سالم وهو أكبر أبنائه. وله من الأبناء أيضاً: حمد وحارب ومحمد وعبد العزيز وحمدان وعلياء. ابنه السيد حمد هرب إلى زنجبار بعد مقتل والده ثويني وتولى حكم سلطنة زنجبار في عام ١٨٩٣م. فالسيد حمد بن ثويني هو خامس حاكم يتولى الحكم في سلطنة زنجبار من أسرة البوسعيد، وُلد السيد حمد في مسقط في عام ١٢٧٣هـ/ ١٨٥٦م، وهو الابن الثالث للسلطان ثويني بن سعيد، سلطان عُمان خلال الفترة (١٢٧٣-١٢٨٢هـ/ ١٨٥٦-١٨٦٦م). وقد تولى السلطان حمد الحكم في١٤ شعبان ١٣١٠هـ/ ١٨٩٣م.  توفي السلطان السيد حمد بن ثويني في ١٤ ربيع الأول ١٣١٤هـ/ ٢٥ أغسطس ١٨٩٦م. وكانت مدة حكمه ثلاث سنين وستة أشهر وتسعة وعشرين يوماً، ودفن في المقبرة الملكية بزنجبار. وابنه حارب وهو والد سلطان زنجبار السيد خليفة بن حارب بن ثويني بن سعيد بن سلطان البوسعيدي الذي يعد تاسع سلاطين سلطنة زنجبار من الأسرة البوسعيدية.يُقسِّم بعض المؤرخين حكم السلطان ثويني إلى ثلاث فترات بناء على أبرز الأحداث التاريخية المرتبطة بكل فترة: فالفترة الأولى (1840-1846م) هي أكثر الفترات التي تولى فيها الحكم على عُمان نيابة عن والده. والفترة الثانية (1856- 1861م) اشتغل فيها بمحاولات ضم زنجبار التي كانت تحت حكم أخيه ماجد بن سعيد إلى ممتلكاته. والفترة الثالثة (1861- 1865م) ركز فيها نفوذه وسلطته على مسقط.عموماً، تعد الفترة الثانية من أصعب المراحل في تاريخ عُمان؛ إذ أدى النزاع بين السلطان ثويني في عُمان وأخيه السلطان ماجد في زنجبار إلى تدخل بريطانيا بتشكيل بعثة برئاسة كوجلان لتقصي حقائق النزاع وأسبابه، فزار كوجلان مسقط وزنجبار لسماع وجهات نظر الطرفين، ثم قدم توصياته بضرورة تقسيم الدولة العُمانية إلى قسمين: آسيوي يحكمه السلطان ثويني، وإفريقي يحكمه السلطان ماجد. وقد أسند قرار التقسيم إلى كاننج نائب الملك في الهند الذي أصدر القرار في 2 إبريل 1861م/ 21 رمضان 1277هـ.وبصفة عامة عاشت عُمان فترة من عدم الاستقرار الداخلي الذي أعقب وفاة السلطان سعيد بن سلطان في عام 1273هـ/ 1856م، وما نجم عن ذلك من تقسيم الإمبراطورية العُمانية بين أبناء السيد سعيد، فكانت زنجبار تحت حكم السيد ماجد بن سعيد (1273-1287هـ/ 1856-1870م)، وعُمان تحت حكم السيد ثويني بن سعيد (1273-1282هـ/ 1856-1866م). حاول السيد ثويني استعادة شقي الإمبراطورية لكنه لم ينجح؛ لذلك وجه اهتمامه لتحقيق السيطرة الكاملة على عُمان بعد محاولات كثيرة للاستقلال بأجزاء منها من أفراد البيت البوسعيدي، فتركي حاول الاستقلال بصحار، وقيس بن عزان بالرستاق. وبعد محاولات ناجحة للسيد ثويني من إحكام السلطة بعُمان وبدء توجيه اهتمامه للعدو الخارجي المتمثل في الوهابيين، قوّض ابنه سالم كل الجهود وأحدث انقساماً كبيراً من خلال قتله لوالده السلطان ثويني في 27 رمضان 1282هـ/ 13 فبراير 1866م واستحواذه على السلطة (1282-1285هـ/ 1866-1868م). هذا وتجدر الإشارة إلى أن السلطان ثويني واجه في حكمه كذلك مشكلة بندر عباس الذي كان تحت سيطرة الحكم العُماني؛ وانتهى به الأمر لعقد معاهدة مع الحاكم الفارسي أنهى في مضمونها السلطة العُمانية على البندر.وبناء على مسار الأحداث التاريخية، يمكن القول بأن سنة 1861م تحمل أحداثاً جسيمة ومفصلية في التاريخ العُماني، تمثلت أولاً في إعلان قرار كاننج 2 أبريل عام 1861م بتقسيم الإمبراطورية العُمانية، وثانياً في اغتيال السيد هلال في ربيع الأول 1278هـ/ سبتمبر 1861م فكانت سنة ثقيلة على السلطان ثويني الذي فقد حلمه باستعادة الإمبراطورية العُمانية ككيان موحد، وفقد أهم رجال الأسرة البوسعيدية السيد هلال الذي كان العقل الناصح والسيف الأمين. كان السلطان ثويني مهتماً بالتاريخ وكانت تربطه علاقة طيبة بالمؤرخ والأديب ابن رزيق وقد أهدى السلطان ثويني للقس بادجر مخطوطة كتاب: "الفتح المبين في سيرة السادة البوسعيديين" وقام بترجمتها تحت عنوان: "تاريخ أئمة وسادة عُمان"، وكان لهذه الترجمة فضل كبير في تعريف الأوربيين بتاريخ عُمان. كما أفرد ابن رزيق ديوان شعري للسلطان ثويني أسماه "سلك الفريد في مدح السيد الحميد ثويني بن سعيد"، طبعته وزارة التراث القومي والثقافة في عام 1997م في ثلاثة أجزاء، وننقل مما جاء في مخطوطة الديوان: "هذا كتابُ سِلكِ الفريد في مدح السيد الحميد ثويني بن مولانا سعيد بن سلطان بن الإمام أحمد بن سعيد البوسعيدي أعزهما الله تعالى وناظمه له العبد الفقير حميد بن محمد بن رزيق".