Cuando se habla de autonomía universitaria, esta se refiere a la independencia política y administrativa de una universidad pública respecto de factores externos. El principio de autonomía universitaria sostiene que debe ser autónoma y auto-gobernada, y que debe elegir sus propias autoridades sin injerencia del poder político, decidiendo sus propios estatutos y programas de estudio.

Por ello la reacción; presentar una iniciativa de ley para modificar su ley orgánica infiere una violación a su independencia política, máxime cuando ésta no fue procesada con autoridades universitarias, foros académicos o consultada con sindicatos y comunidad universitaria, el irse por la libre desnudó una estrategia político-electoral, desaseada y mal operada, para trabajar candidaturas a directores de las diferentes escuelas y facultades, con personas ligadas al movimiento morenista que no cumplen con los requisitos de ley para poder competir.