Está presente no óvulo ou no espermatozóide. Depois que o óvulo é fertilizado pelo espermatozóide, é formada uma célula chamada zigoto que, em seguida, se divide para formar o feto (que posteriormente será um bebê). Esse tipo de mutação se encontra em cada célula do corpo e pode ser transmitida à geração seguinte. É também denominada germinativa, pois as células que se desenvolvem em óvulos e espermatozóides são chamadas de células germinativas. Acredita-se que as mutações herdadas são a causa direta de apenas uma pequena fração dos cânceres.