Sự phân biệt đối xử từ nhiều thập kỷ trước thường khiến người Hồi giáo gốc Hoa sống ở Indonesia gặp khó khăn trong việc hòa nhập với những người khác cùng đức tin với họ. Một số nhà thờ Hồi giáo ở đây đang cố gắng thu hẹp khoảng cách đó.