Lê Quý Đôn tự Doãn Hậu, hiệu Quế Đường, người xã Duyên Hà, huyện Duyên Hà, tỉnh Hưng Yên, nay thuộc tỉnh Thái Bình. Con Trung hiếu công Lê Phú Thứ, thượng thư bộ Hình đời Lê Dụ Tông.  Từ thuở nhỏ, đã nổi tiếng thông minh lanh lợi, nổi tiếng thần đồng. Mới 14 tuổi đã đọc hết tứ thư, ngũ kinh, sử, truyện, và đọc đến cả bách gia, chư tử; một ngày có thể làm xong mười bài phú.