Di era Liga Indonesia Persipura Jayapura adalah tim dengan gelar terbanyak. Namun tak hanya prestasi di kancah nasional, Persipura juga mampu berbicara banyak saat membawa nama Indonesia di kancah Asia. Menembus semifinal Piala AFC 2014 masih menjadi catatan terbaik yang pernah ditorehkan klub Indonesia di level internasional selepas 2010.