Phan Văn Trị sinh năm Canh Dần (1830), tại làng Hạnh Thông, tỉnh Gia Định. Hai mươi tuổi đỗ cử nhân (năm Kỷ Dậu,Tự Đức II, 1849) nên thường gọi là Cử Trị. Thang mây sẵn bước, có thể ruổi dong trên hoạn lộ dễ dàng, nhưng vì tính khí ngang tàng, ông không chịu bó buộc thân mình, mặc dầu gia đình thanh bạch. Ông lấy việc dạy học và bốc thuốc làm phương độ nhật. Khi quân Pháp gây hấn ở Gia Định (1862) ông tránh xuống Vĩnh Long, kết bạn với Nguyễn Đình Chiểu và Huỳnh Mẫn Đạt.