ค้างคาวมีข้อแตกต่างจากนกหลายอย่าง เช่น นกออกลูกเป็นไข่ ค้างคาวออกลูกเป็นตัว นกมีขนปกคลุมทั้งตัวแต่ค้างคาวไม่มีขน  ค้างคาวมีฟันและยังมีกระบังลมแบ่งกันระหว่างช่องอกและช่องท้องซึ่งเป็นลักษณะสำคัญของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม จึงสรุปได้ว่า ค้างคาวจัดอยู่ในจำพวกพวกสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมและเป็นสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมชนิดเดียวที่บินได้