ฮิปโปโปเตมัสแคระ  เป็นสัตว์ที่มีจำนวนน้อยมาก เนื่องจากถิ่นที่อยู่ถูกทำลาย และถูกฆ่าเป็นจำนวนมาก มนุษย์มีส่วนสำคัญที่ทำให้มีจำนวนลดลงกลายเป็นสัตว์หายาก และอีกไม่นานอาจไม่มีฮิปโปโปเตมัสแคระเหลืออยู่ในธรรมชาติ ปัจจุบันมีความพยายามเพาะเลี้ยงฮิปโปโปเตมัสแคระให้มีจำนวนมากขึ้น