《批评中医》从科学角度出发，对中医进行了深入剖析与批判，提出“废医验药”的主张 ，在当时引发了广泛关注与激烈讨论。
书中指出，中医理论体系与现代科学不符，其建立在阴阳五行等玄学概念上，模糊抽象且缺乏科学的可验证性。例如中医对五脏分担精神活动、心脏为思维器官的认知，与现代医学大相径庭。同时，中医学习研究方式迷信古籍，背离科学精神的创新原则，中医疗法和药物也大多缺乏严格科学验证，疗效可靠性存疑。此外，中医诊断和治疗缺乏统一标准，主观性强，中药安全性存在隐患，国际认可度也较低。
作者方舟子并非否定中医的文化价值，而是认为应废弃中医理论体系，以现代医学理论代之，中药、针灸等疗法可挖掘，但需用现代医学方法检验有效性和安全性。尽管本书观点具有争议性，却能促使读者从科学理性角度思考中医，为中医发展及相关讨论提供了独特视角，值得对中医话题感兴趣的读者阅读。