Pokémon Legends foregår i Sinnoh-regionen, hvor også spillene Diamond og Pearl finder sted.

Legends-eventyret udspiller sig i en forhistorisk tid, hvor tanken om trænere, battles og gyms endnu ikke er eksisterende. Regionens første Pokédex skal samles med hjælp fra enten Rowlet, Cyndaquil eller Oshawott, som din partner.