Durante o percurso do circuito turístico da UC não deixe de conhecer a Prisão Académica. Instalada, a partir de 1593, em dois antigos aposentos, sob a Sala dos Capelos. Foi então transferido em 1773 para as infra-estruturas da Biblioteca Joanina que incorporara os restos arruinados do que fora o antigo cárcere do Paço Real, documentando o único trecho de cadeia medieval subsistente em Portugal. O circuito turístico da UC dispõe de um Roteiro Turístico em Braille, que se apresenta em formato A5 em duas versões: Português e Inglês.