Bien qu’il ne s’agisse pas d’une compétence qui lui revient obligatoirement à l'Agglo, les élus de Pays de Gex agglo, sensibilisés par les besoins des habitants, ont choisi de s’investir dans les questions et enjeux de santé sur le territoire, d’en faire une priorité, pour offrir des solutions accessibles et efficaces aux Gessiens. Signé en 2016, le premier Contrat Territorial de Santé (CTS) laisse place à un nouveau contrat qui, lui, a été signé le 16 octobre 2023 au siège de Pays de Gex agglo.