На дворе XVII век, Япония всё ещё закрыта от посещения другими государствами и попасть сюда возможно только определённым людям. Иезуит Алессандро Валиньяно получает сообщение, что его наставник, Отец Феррейра, отказался от веры. Он, и ещё два ученика Феррейра, не верят, что учитель по доброй воле пошёл на такой серьёзный шаг и принимают решение отправиться из Португалии в экзотическую Японию, чтоб найти его и узнать правду.

В японской деревню Томоджи герои узнают, что сёгунат Токугава, наложил запрет на все другие религии, кроме синтоизма. Христиане здесь подвержены изгнанию, а тех, кто отказываются, ждёт страшное наказание в виде прибытия на крест и утопления. После этого, иезуиты покидают деревню, чтоб не накликать беду на её жителей. Теперь они держат путь на остров, где жил наставник, но на месте его хижины находят лишь руины. В ходе поисков герои встречают старого самурая, который практически заставляет их отречься от своей религии. Если они не выполнят этого, то навеки станут пленниками Японии, где их ежедневно будут подвергать пыткам и мучениям, пока они не изменят своего решения или не умрут. Какое решение примут ученики Феррейра и отыщут ли они в итоге своего учителя?