"Den siste Metroid er i fangenskap. Galaksen har fått fred ..." Vi tar steget inn i Samus Arans Varia-drakt for å gjenoppleve de første øyeblikkene av SNES-mesterverket, mens dusørjegeren minnes hendelsene i Metroid 1 og 2, prøver å beskytte Metroid-barnet/larven mot Ridleys klør på den galaktiske forskningsstasjonen på Ceres (romkoloni), og til slutt starter reisen på planeten Zebes fra Crateria til Brinstar, der hun gjenfinner morphing-kulen og missilene for å skyte seg gjennom de første rompiratene.