"Den sidste Metroid er i fangenskab. Galaksen er i fred..." Vi træder ind i Samus Arans Varia-dragt for at genopleve de første øjeblikke af SNES-mesterværket, mens dusørjægeren genkalder begivenhederne i Metroid 1 og 2, forsøger at beskytte Metroid-barnet/larven mod Ridleys kløer ved den Galaktiske Forskningsstation i Ceres (Space Colony), og endelig begynder sin rejse på planeten Zebes fra Crateria til Brinstar. hvor hun genvinder morphing-kuglen og missilerne for at skyde sig igennem de første par rumpirater.