"Viimeinen Metroid on vankeudessa. Galaksi on rauhassa..." Astumme Samus Aranin Varia-pukuun ja koemme uudelleen SNES-mestariteoksen ensimmäiset hetket, kun palkkionmetsästäjä muistelee Metroid 1:n ja 2:n tapahtumia, yrittää suojella Metroid-lasta/larvaa Ridleyn kynsiltä galaktisella tutkimusasemalla Ceresillä (avaruussiirtokunta) ja aloittaa lopulta matkansa Zebes-planeetalla Crateriasta Brinstariin, jossa hän saa takaisin morphing-pallon ja ohjukset, joilla hän ampuu tiensä läpi ensimmäisten avaruuspiraattien läpi.